- Лаборатория экспериментальной экологии растений;
- Лаборатория лекарственных растений;
- Лаборатория генетики и селекции растений;
- Лаборатория высокогорного плодоводства;
- Памирский ботанический сад;
- Лаборатория зоология;
- Лаборатория  кормовых растений;
- Лаборатория физиология устойчивости растений;
- Музей «Природа Памира»

Опорные пункты и станции института расположены на разных высотных зонах высокогорий Памира:

- Чечектинский  опорный пункт (3860 м над ур. моря)
- Ишкашимский опорный пункт (2600 м над ур.моря)
- Ванчский опорный пункт (2100 м над ур. моря)
- Рогагский опорный пункт (1150 м над ур.моря)
- Джелондинская агроэкологическая станция (3600 м над ур моря)

В Памирском биологическом институте работают 133 чел. Среди них 1-член-корресрондент АН РТ, 4- доктора , 17 кандидатов наук и 24 человек имеют высшее образование. В аспирантуре проходят обучение 9 человек.
Основными направлениями научных исследовании  Памирского биологического института является;
- комплексное изучение биологических ресурсов Памира и разработка рекомендации по рациональному использованию этих ресурсов для нужд народного хозяйства;
- изучение биоразнообразия растительного и животного мира Памира, разработка методов их охраны и восстановления разрушенных человеком биогеоценозов;
- изучение механизма адаптации растений к экстремальным факторам высокогорий Памира. Выявление роль естественной ультрафиолетовой радиации и температурных  факторов в формировании продуктивности высокогорных растений;
- изучение особенности интродукции и акклиматизации растений в условиях высокогорий;
- поиск видов, сортов и селекционные линии плодовых  культур перспективных для возделывания в условиях высокогорий;
- разработка технологии выращивания яблони и  груши, абрикосов, грецкого ореха, на каменистых горных склонах Западного Памира;
- поиск и внедрение в производство новых видов и сортов однолетних и многолетних кормовых культур с повышенным содержанием  питательных веществ.
- создание и изучение генофонда культурных растений Памира и их  сородичей. Семеноводство и технология возделывания новых видов и сортов сельскохозяйственных культур на Памире;
- разработке научных основ регуляция  численности вредных беспозвоночных путем биологических методов борьбы с использованием их естественных врагов;
- исследование динамики численности вредителей, их сточной, сезонной и многолетней цикличности для целей дифференцированного применения способов борьбы с вредными видами и повышения эффективности этих средств.
- охрана животного мира Памира и разработка методов оптимизация естественных биогеоценозов;
- разработка научных основ комплексного использования тепла геотермальных вод высокогорий Памира для нужд сельского хозяйства.
Для планомерного стационарного исследования природных ресурсов Памира институт располагает  7635 га горных каменистых и скалистых территорий, которые находятся на различных  абсолютных высотах от 1150 м до 4760  м. Около 7000 га земель расположено на Восточном Памире и 612 га в окрестностях г.Хорога. На этой обширной территории представлены все категории субстратов, характерные для Памира: скалы, осыпи, селевые конусы выноса, галечники и пески. Это дало возможность изучать все основные черты природных зон области и разрабатывать модель освоения Памира, основной которой является охрана и рациональное использование биологических ресурсов.
     Основные результаты научно-исследовательских работ. В области физиология и биохимии растений проведены систематические исследования действия ультрафиолетовой радиации (УФР) на рост, морфогенез, мезоструктуру листьев и уровень фитогормонов и ингибиторов роста, т.е. адаптационных реакций в отношение действия  УФР. Дана оценка действие УФР на адаптированные и неадаптированные типы растений в лабораторный и полевых условиях  и выявлено действие УФР на гормональный статус растений. Доказано, что действие УФР – как экологический фактор высокогорий, прежде всего  сказывается  на толщине листа, число слоев паренхимы, а также на толщине верхнего слоя эпидермы. Эти особенности строения листьев высокогорных растений следует рассматривать как ответная реакции  на экстремальные факторы высокогорья. Впервые исследованы и установлены запасы лекарственного сырья некоторых представителей  сем. зонтичных и гречишных Западного Памира и Дарваза.
     Выявлены 2 новых для науки вида дикорастущих травянистых растений, а также новые местонахождения для лука шугнанского и дудника тройчатого.
     Изучен генофонд дикорастущих и  культурных плодовых пород Горного Бадахшана на высотах от 1000 до 3050 м над уровнем моря. Исследования показали, что такие плодовые породы, как  яблоня, абрикос, персик, орех грецкий, гранат, белая шелковица, виноград и лох в условиях Западного Памира и Дарваза  обладают большой полиморфностью. Выделены перспективные формы плодовых культур не нуждающихся в дополнительном селектировании: 15 форм  абрикоса, 12- яблони, 10-груши, 6-персика, 6-ореха грецкого, 5- шелковицы, 2-чрешни, 1-винограда и др.
     В области защиты растений показано, что на лекарственных растениях и на картофеле обнаружено 24 вида вредителей растений. Показано, что лекарствен-ные растения повреждаются листогрызущими вредителями до   высоты 1800 м над ур. моря . Свыше указанных высот наблюдается не только резкое уменьшение видового состава, но и уменьшение популяции того или иного вида растений.
     В условиях Восточного Памира завершено изучение агротехники возделывания местного дикорастущего вида кормового растения пырейник  поникшего. Установлено, что при соблюдении комплексных агротехнических приемов в экстремальных условиях Восточного  Памира можно получать до 35-40  ц/га сухой массы кормовых культур.
     В плодопитомниках института подготавливается 20-30 тыс. Саженцев плодовых и цветочно-декоративных растений.
     Результаты научно-исследовательских работ сотрудников института опубликованы в 12 монографиях и 8 рекомендациях и в более 200 научных статьях и тезисах в нашей страны и в странах  ближнего и дальнего зарубежья.